流传菏泽牡丹糕的发明者为武媚娘。据《隋唐佳话录》载：有一年花朝节即谷雨牡丹绽放的季节。她率小宫女游园会赏花踏青，看见百花争艳的花儿，突发奇想。下令小宫女采摘很多的各种花朵，回宫按她的设计，和米捣烂，蒸制成糕，即名“百花糕”，并且用这香糯可口的点心作为奖品分别赏赐臣子。故牡丹饼又被称为“百花糕”、“牡丹糕”。

菏泽牡丹糕又被称为“天皇饼”，原因是武媚娘与唐高宗并称天后、天皇。宋代词人黄庭坚《渔家傲》有“方猛省，无声三昧天皇饼”之句，说的便是牡丹饼。唐贞观二十三年（649年），武媚娘被发送长安感业寺削发为尼后，偶以牡丹花瓣为原材料制成素饼，一食之，速觉味儿非凡，恰高宗相访，武媚娘以饼传情。没过多久还宫，立为皇后娘娘，高宗称天皇，她称天后。因而饼出自于皇室，时人称此饼为天皇饼。

隋、唐两代中日相处频繁，洛阳牡丹传至日本国，日本国的画师，把富丽庄重的中国牡丹彩绘在奈良“春日神社”的墙壁上，被日本人民奉若珍宝。菏泽牡丹糕的制造也从洛阳传至日本国，迄今相延千余年，牡丹饼仍流行于日本民间。